Vabariigi valitsus moodustas oma määrusega
4. oktoobrist 1990 usuküsimustega tegelemiseks Eesti Vabariigi Konfessioonide
Nõukogu ja pani valitsuse ja kiriku suhete vahendamise kultuuriministeeriumile.
Sama määrusega lõpetati NSVL Ministrite Nõukogu juures asuva usuasjade nõukogu
voliniku (viimasena oli selles ametis Rein Ristlaan) tegevus Eestis. 14.
novembrist moodustati kultuuriministri (Lepo Sumera) käskkirjaga sama
ministeeriumi juurde osakonna õigustes usuasjade talitus. 22. jaanuaril 1993
viidi usuasjade talitus üle siseministeeriumi alluvusse. Seal on ta tegev
tänaseni.

Uue osakonna töö usaldati Andra
Veidemannile. Tema komplekteeris ka kaadri. Nagu alguses, nii ei võetud ka
hiljem osakonda tööle juhuslikke inimesi – igaühe usuline taust oli teada.  Tiit Sepp tuli Veidemanni kutsel uude
ametisse Teaduste Akadeemia majandusinstituudist.

Tiit Sepp meenutas, kuidas ta jõulude ajal
Pärnu maanteel endise voliniku kabinetti astus. «Seal oli üks pikk laud ja
mõned toolid. Õnnetu Andra koos Jaan ja Sirje Kiivitiga istusid laua taga ja
jõid jõulukohvi. Maja elanikud rääkisid, et 
jäite ühe päeva ülevõtmisega hiljaks. Eelmisel päeval oli palju
dokumente ära viidud. Vaimulikud olid ju kõik jälgimise all. ¾ personaaliast viidi
minema.»

Algus oli keeruline. Polnud eeskujusid,
kuidas osakonna tööd uutel alustel korraldada. Ühte Tiit Sepp teadis: «Kiiremas
korras ja mõistlikul moel oli vaja lahendada riigi ja kirikute suhted ja viia
need inimlikule pinnale. Et ei hakataks kõõrdi vaatama või üle tänava minema,
kui meie töötaja vastu tuleb.»

Tänaseks Siseministeeriumi asekantsleri
kohalt lahkunud ja Võru lähedal Navi külas elav Tiit Sepp on rahul, sest
«usuasjade osakond on olnud vaimulike ja usuliste ühenduste teenistuses». Tema poolt
seatud lipukiri – me suhtleme kui sõbrad – on osakonna tegevusega ellu viidud.

Eriliselt toob Tiit Sepp osakonna
tegevusest rääkides välja Eesti riigi ja Vatikani vahel sõlmitud lepingu (1999)
katoliku kiriku õigusliku staatuse kohta Eestis. Katoliiklik Leedu olevat tema
sõnul solvunud, kui Eesti sai Vatikaniga unikaalse lepingu.